Mendapati kenyataan Charlie bukanlah anak yang "sempurna", itu menjadi sebuah aib di kehidupannya yang sempurna.Namun Rose (Ibu Charlie) masih sangat menyayangi Charlie hingga anak keduanya lahir. Adik Charlie yang bernama Norma, sangat diperlakukan secara spesial oleh ibunya.
Paranoid berlebihan yang dialami oleh Ibunya sering membuat Rose bersikap kasar pada Charlie. Karena, takut anak keduanya tertular "penyakit" yang sama dengan Charlie maka, Charlie dibuang untuk selama - lamanya.
Kenangan - kenangan terakhir bersama Ibunya selalu membuat Charlie berusaha sangat keras untuk menjadi anak yang pandai seperti harapan Ibunya.
"Aku ingin menjadi pandai Miss Kinnian, aku ingin Ibu bangga padaku" aku Charlie kepada guru sekolah keterbelakangan mental untuk orang dewasa. Alice Kinnian adalah seorang guru dan juga seorang peneliti yang bekerja di Universitas Beekman dan sedang meneliti tentang kemajuan kecerdasan otak dengan enzim dan hormon yang disuntikkan melalui otak.
Percobaan yang dilakukan selama ini hanya menggunakan tikus atau simpanse sebagai kelinci percobaan. Algernon adalah salah satu kelinci percobaan yang berhasil sejauh ini. Karena perkembangannya sangat pesat pasca melakukan operasi otak.
Miss Kinnian yang tersentuh oleh Charlie, menawarkan "kecerdasan" itu pada Charlie. Charlie yang telah ditanamkan obsesi kecerdasan oleh Ibunya sangat menyambut hangat ide tersebut. Dia melonjak - lonjak senang. Namun operasi tersebut tetap harus mendapat persetujuan dari pihak keluarga Charlie. Dan tidak perlu ditebak lagi, seluruh keluarganya (Norma dan Rose) pasti setuju dengan ide tersebut. Ayahnya Matt Gordon, sudah lama meninggalkan Rose, karena tidak tahan melihat tingkah laku Rose yang kelewatan pada Charlie.
Rose sering memukuli Charlie hanya karena dia tidak bisa belajar secepat teman - teman normalnya. Buang air tidak pada tempatnya ketika ia gugup, ketakutan, dan panik. Charlie sering disembunyikan oleh Rose ketika tamu - tamu datang ke rumah mereka.
Lama kelamaan Norma mengikuti kebiasaan Rose, dengan berlaku kasar pada Kakaknya. Dan Norma tidak mau mengakui Charlie sebagai kakaknya.
Dengan motivasi yang mendalam, agar orang - orang menyukainya karena dia pandai, agar dia dapat membahas masalah - masalah penting seperti teman - temannya di Pabrik rotinya, dia sangat menanti hari operasi tersebut.
Dr. Nemur adalah kepala dari eksperimen kemajuan kecerdasan, dia tidak setuju menggunakan Charlie sebagai bahan percobaan mereka. Menurutnya terlalu cepat mengambil kesimpulan sekarang. Namun Dr. Straus dan Burt, anak didiknya di Universitas Beekman tidak sependapat dengan Dr. Nemur maka, perlawanannya menjadi sia - sia.
Charlie menguping pembicaraan mereka, walaupun dia tidak tahu pasti apa yang sedang mereka permasalahkan. Dia hanya dapat merasakan bahwa Dr. Nemur tidak pada pihaknya, tapi Dr.Straus dan Burt berada di sana untuk membelanya.
Pasca operasi, Charlie mengalami kepesatan IQ yang dahsyat dalam waktu yang singkat. Dia dapat menguasai 24 bahasa, melahap buku - buku di perpustakaan dalam waktu satu hari, padahal orang biasa membutuhkan waktu pemahaman seumur hidup mereka.
Namun selang beberapa bulan, Algernon mengalami keanehan pada perilakunya. Dia sering membentur - benturkan dirinya pada dinding labirin, tempat ia berlatih. Tidak melakukan latihan - latihan seperti biasanya, motivasi makanan yang biasanya dilakukan sudah tidak berlaku lagi.
Dan tidak lama kemudian, Algernon mati dengan kerusakan otak yang parah, pelembutan pada kerumitan jaringan otak.Semua itu akankah berlaku sama pada Charlie?